Librairie de Molécules
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Aide à la recherche de nouveaux modèles

Afin d'assurer une veille scientifique, comment interroger les banques de données moléculaires :

Liste des banques scientifiques

ou (nouveau site) http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/Welcome.do

Recherche de nouveaux modèles sur la PDB

  • Deux modalités de recherche sont proposées :
    • Recherche en utilisant des mots clés,
    • Recherche en suivant une arborescence.
  • Menu de recherche en mode simple
    • All (en texte entier)
    • PDB ID or keyword (en utilisant le code pdb ou les mots clés en anglais)
      • Exemple : hemoglobin
      • Exemple : DNA and not RNA
      • Exemple : carboxypeptidas
    • Web Pages (pages html faisant référence à un modèle pdb)
    • Author (si à partir d'une publication, on a un auteyr référent alors ... une liste d'auteurs est proposée dès les premières lettres)
    • Search(pour lancer la recherche)

  • Recherche en mode avancé

  • All
  • Keyword phrase
    • Exemple : "Keyword phrase" étant choisi on recherche un oncogène (oncogen)
  • Search scope (plein texte)

  • Autres recherches avancées :
    • Recherche à partir d'une séquence : si on cherche un modèle dont on connaît la séquence au format FASTA (code 1 ou 3 lettres), le moteur de recherche peut vous proposer un ou plusieurs modèles...
    • Recherche d'un modèle pouvant contenir un ligand ou un groupement prosthétique...
      • Exemple : une hétéroprotéine contenant un hème
      • Exemple : une protéine contenant un ion Zn (sélectionner l'option More puis chercher dans la table des éléments le Zn)
      • La recherche propose un outil de construction du ligand ...

  • Recherche dans une arborescence
  • Recherche par fonction biologique (Biological process)
    • Exemple : Physiological process puis metabolisme puis catabolisme puis ... choisir le modèle dans une liste
    • Exemple : Viral life cycle
    • Exemple : Reproduction puis sexual reproduction ...
  • Recherche par fonction moléculaire (Molecular function).
    • Exemple : sélectionner "motor activity" puis "microtubule motor activity" puis Dynein ou Kynesin etc.
    • Exemple : séléctionner l'option "cancer" avant d'accéder à l'option "colon cancer" etc. (une autre possibilité écrire colon cancer et cliquer sur Find in Tree)
  • Recherche par compartiment cellulaire (Cellular component)
    • Exemple : Envelope (Enveloppe) puis Cell envelop etc.
  • Recherche des enzymes (Enzyme classification)
    • Exemple : Hydrolase puis Peptide hydrolases etc.
  • Recherche par organisme (Source organism)
  • Recherche par les implications médicales (Disease)
    • Exemple : Nutritional and metabolic disease puis Human obesity protein, leptin puis le modèle 1AX8 par exemple
    • Exemple : Nutritional and metabolic disease puis "Diabetes, type 1" etc.
  • Recherche par la localisation du gène (Genome location)
    • Exemple : Homo sapiens puis chromosome Y puis le gène SRY puis le modèle 1J46 ou le modèle 1J47
  • Recherche en utilisant la classification SCOP ou CATH
    • Exemple : écrire "angiotensin" puis cliquer sur "Find in Tree" etc.

Recherche de nouveaux modèles sur Klotho

A suivre ...