Librairie de Molécules
Banque nationale coopérative pour les SVT Accueil | Outils   Aide
Rechercher dans    

Exportation d'images de modèles moléculaires

En réponse à une demande d'une image très haute résolution d'un modèle par un visiteur du site "Librairie de molécules"

Pour obtenir une image d'un modèle moléculaire de très bonne qualité, il vous faut utiliser un logiciel de visualisation moléculaire. Après traitement, vous pouvez réaliser plusieurs types de représentation de ce modèle selon ce que vous souhaitez en voir (style d'affichage varié d'affichage, choix des couleurs, choix d'un angle de vue, zom, fond d'écran etc.).

Quel logiciel utiliser?

  • Le logiciel qui est utilisé pour la visualisation en ligne à partir de la librairie (applet Jmol) permet d'obtenir des images, mais leurs dimensions limitées sont limitées par la page HTML (donc faibles).
  • Si vous souhaitez obtenir une image haute résolution, nous vous conseillons d'utiliser un logiciel capable de produire une scène 3D au format povray (logiciel de raytracing) :
    • Soit le logiciel YASARA : http://www.yasara.org/downloads.htm. Ce logiciel est relativement simple à utiliser et permet d'obtenir rapidement des vues intéressantes. Ensuite faites un export au format pov.
    • Soit le logiciel MolMol : http://hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/index.html. Ce logiciel est complexe d'utilisation mais permet de régler très finement les modes d'affichage, de coloration, etc...
    • Utilisez alors le logiciel pov-ray pour obtenir une image de très haute qualité, éventuellement en réglant la résolution à vos besoins (attention au temps de calcul qui croît très rapidement) pour une qualité de sortie avec un "réalisme photographique".
  • Des logiciels comme Rastop : http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm. permettent de réaliser une image relativement rapidement mais le rendu obtenu est beaucoup moins bon pour des besoins de publication en particulier.
Pour consulter un comparatif sur les logiciels de visualisation moléculaire : http://www.marcsaric.de/index.php/Free_Molecular_Modelling_Programs