Icônes de rastop
Icônes de visualisation
 | Afficher en spères. |
 | Afficher en étoiles. |
 | Afficher en fil de fer. |
 | Afficher en boules et bâtonnets. |
 | Afficher en bâtonnets. |
 | Afficher en rubans. |
 | Afficher en nuage de points. |
 | Effacer tous les affichages. |
Icônes de sélection
 | Sélectionner un ou plusieurs atomes. Pour sélectionner tous les atomes compris dans un quadrilatère, cliquer sur un point quelconque et tirer pour englober les atomes visés. |
 | Sélectionner un groupe d'atomes (résidu). Cliquer sur un atome quelconque du groupe. |
 | Sélectionner une chaîne. S'il n'y a qu'une chaîne, tous les atomes de la molécule sont sélectionnés. |
 | Sélectionner une molécule, s'il y en a plusieurs dans la même fenêtre. Cliquer sur un atome de la molécule choisie |
 | Sélectionner tous les atomes de la molécule active. |
 | Inverser la sélection. |
 | Revenir à la sélection précédente (un seul niveau). |
 | Afficher les atomes sélectionnés. |
 | Nouvelle sélection. Accueille les atomes choisis avec les autres icônes (ou directement à travers une commande). |
 | Ajouter à la sélection. Ajoute à la sélection en mémoire, les nouveaux atomes sélectionnés. |
 | retirer de la sélection. |
 | Extraire de la sélection. |
 | Exclure de la sélection. |
Icônes de mesure
 | Distance entre deux atomes. Cliquer sur le premier puis sur le second. |
 | Angle formé par trois atomes. Cliquer successivement sur les trois atomes choisis. |
 | Torsion. Cliquer successivement sur les quatre atomes choisis. |
Icône des labels
 | Sélectionner l'icône, puis cliquer sur un atome pour afficher son nom. |
Icône des coordonnées
 | Modifier les coordonnées : absolues ou relatives (de la molécule, de l'écran, de l'univers). |
Icône de centrage
 | Fixer le centre de rotation de la molécule sur l'atome désigné. |
 | Afficher les commentaires accompagnant un script. |