Références
Auteurs : Cheetham G.M., Steitz T.A.,
Publication :
"Structure of a transcribing T7 RNA polymerase initiation complex."
in Science 1999 nº286
pages 2305-2309 PubMed
Source : PDB Identifiant : 1QLN
Classification
Organisme d'origine : Bactériophage t7
Catégorie :
organique >
protide >
protéine >
enzyme >
transférase >
nucléotidyl transférase >
ARN polymérase >
ARN polymérase du bactériophage T7
organique >
acide nucléique >
ADN >
ARN polymérase du bactériophage T7
organique >
acide nucléique >
ADN >
ARN polymérase du bactériophage T7
organique >
acide nucléique >
ARN >
ARNm >
ARN polymérase du bactériophage T7
Description
Le modèle présenté ici correspond au complexe d'initiation de la transcription du bactériophage T7. L'enzyme est beaucoup plus simple que les complexes rencontrés chez les procaryotes ou les eucaryotes ce qui en fait un objet d'étude possible dans l'enseignement.
Composition du modèle
Le modèle est composé de 4 chaînes :
- Chaîne A : c'est l'ARN polymérase elle-même
- Chaîne T : Brin transcrit de l'ADN
- Chaîne N : Brin non transcrit de l'ADN
- Chaîne R : ARN en cours de synthèse
Associé à la chaîne R est présent un GTP (Guanosine Tri Phosphate) en cours d'incorporation à l'ARN.
Organisation du modèle
Le double brin d'ADN est dissocié par la protéine de façon à former une boucle. L'ensemble de la boucle d'ADN n'est pas visible ici (c'est le cas avec le modèle référencé 1MSW dans la protein data bank, mais pour lequel la complémentarité entre les bases de l'ADN n'apparaît pas, du fait du modèle expérimental choisi). Cependant l'examen des séquences permet d'en montrer la complémentarité.
Un des deux brins de l'ADN reste en dehors de la protéine tandisque l'autre pénètre dans le site catalytique. A ce niveau, 2 cytosines du brin d'ADN sont associées à 2 guanines à ARN (on peut noter la présence de l'atome d'oxygène caractéristique des nucléotides à ARN sur ces guanines).
A l'issue du site catalytique, le brin d'ADN matrice ressort en direction de l'autre brin d'ADN complémentaire.
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