La structure moléculaire de l'ADN - Utilisation de Jmol


Avertissement !

Cette page est destinée aux lecteurs qui souhaiteraient en savoir plus sur les commandes utilisées dans la page de visualisation, afin par exemple d'utiliser des techniques similaires. Il est inutile de connaître ces commandes pour utiliser la production et réaliser l'activité avec les élèves !
Cette page a été réalisée avec Jmol 14.1, en Décembre 2013.

Redimensionnement automatique de la fenêtre de visualisation

Lorsque l'utilisateur redimensionne la fenêtre de son navigateur, la taille de la fenêtre de visualisation s'adapte automatiquement. Ceci est lié à un mécanisme de rechargement de l'applet lors du redimensionnement et à l'utilisation d'un squelette de page permettant d'adapter la taille des différentes zones de la page en pourcentages. L'auteur de ce squelette est Angel Herraez, les différents squelettes qu'il propose sont disponibles ici

Cacher au lieu d'effacer

Jmol offre un couple de commande permettant de limiter l'affichage sans modifier la sélection des atomes.
Ainsi, il est possible modifier le mode de représentation de tout un modèle tout en ne visualisant qu'une partie du modèle. Ensuite si l'on réaffiche l'ensemble du modèle, tous les atomes auront le même mode de représentation. Dans cette page, ce mécanisme permet par exemple de ne visualiser qu'un nucléotide, de le colorer et ensuite de retrouver la même coloration appliquée sur toute la molécule d'ADN.

Commandes :

hide (atomes choisis)
Cache la partie du modèle désignée et affiche le reste des atomes.
Exemple : hide  *a cache les atomes de la chaîne A mais affiche tous les autres atomes
 
display (atomes choisis)
Affiche la partie du modèle désignée et cache le reste des atomes
Exemple : dislay all affiche tous les atomes

Images de haute qualité

Jmol peut produire des images avec une méthode d'anticrénelage qui évite une pixellisation des bords des zones colorées. Cette méthode consomme une mémoire importante car une image quatre fois plus importante est calculée avant d'être mise à l'échelle de la zone d'affichage. Elle est donc à utiliser pour des modèles contenant un nombre limité d'atomes.

Commande :

set antialiasdisplay true
Active l'anticrénelage

Ombrage de profondeur

Jmol donne la possibilité d'une indication visuelle de la profondeur par l'utilisation d'un fondu progressif avec la couleur de fond pour les atomes situés le plus en arrière plan

Commande :

set zshade on; set zslab 50; set zdepth -30;
Active le flou de profondeur, défini le plan avant à partir duquel cet effet s'applique, et le plan arrière à partir duquel le fondu est total.

Transitions entre les points de vue

Il est possible de choisir un point de vue pertinent et ensuite de construire une commande qui permette de retourner à ce point de vue en définissant un temps de déplacement.
Pour construire un tel déplacement, utiliser soit l'application Jmol, soit l'applet, placer le modèle dans la position désirée puis taper dans la console la commande suivante : show orientation
Cette commande renvoit une commande Jmol commançant par moveto. C'est cette commande qui permet de définir le déplacement nécessaire pour retourner dans cette position.

Commande :

show orientation
Renvoie dans la console 2 commandes : une commande commançant par moveto qui crée un effet de transition et un script qui permet de repositionner instantanément le modèle dans l'orientation actuelle.
moveto
Le premier paramètre correspond à la durée du déplacement en secondes. Pour un détail des nombreux autres paramètres de cette commande vous pouvez vous référer à la page suivante (en anglais).

Centre de rotation adapté à la partie de la molécule affichée

Par défaut le centre de rotation pour les manipulations avec la souris correspond au centre du modèle étudié. Ainsi si l'on restreint l'affichage à un nucléotide, les rotations et les agrandissements réalisés avec la souris ont toujours pour centre, le centre du modèle ce qui rend difficile la navigation autour du nucléotide (pour faire le tour du nucléotide, il faut nécessairement combiner des rotations et des translations).

Commande :

center (atomes choisis)
Redéfini le centre de rotation comme le centre des atomes désignés (les coordonnées de ce centre correspondent à la moyenne des coordonées des atomes choisis)
Exemple : center displayed centre sur la partie du modèle affichée.

Légendes

Jmol permet de rajouter des traits de légende entre l'atome et la légende qui lui est associée.

Commandes :

set labelpointer on
Trace une ligne reliant le texte de la légende à l'atome correspondant
set labeloffset (x) (y)
Décale le texte de légende de (x) pixels vers la droite et (y) pixels vers le haut (les valeurs négatives permettent de décaler dans l'autre sens)


Réglage de la qualité d'affichage

En particulier pour la version HTML5, il est parfois nécessaire de prendre en compte les performances d'affichage de la plateforme de l'utilisateur (par exemple l'exécution sur une tablette). Jmol possède une fonction de réglage de la vitesse. Pour les valeurs les plus basses, les déplacements des modèles se font avec un affichage simplifié (en fils de fer).
Dans cette page, cette fonction est combinée à l'activation de l'anticrénelage et du flou de profondeur.

Commande :

set platformspeed 1
Le paramètre varie de 1 (qualité la plus basse) à 8 (qualité la plus élevée)

Sources

Documentation de Jmol par Robert Hanson : Jmol Scripting Interactive Documentation
Site officiel de Jmol pour le téléchargement de l'applet et de sa librairie de commande en javascript
Squelettes de page pour le redimensionnement automatique par Angel Herraez
Modèle moléculaire d'ADN : extrait du modèle 1d7g de la Protein Data Bank
Construire un modèle théorique d'ADN à partir d'une séquence rentrée au choix : MDDNA - Structural Bioinformatics of DNA
 

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