Protéine Explorer
version française

d'après Protein Explorer Copyright © 2002 by Eric Martz,
version française Hervé Furstoss.

Vers la dernière version de
Protein Explorer (v.o.)

Version française d'après vo :
1.982 alpha
Dernière mise à jour :
Décembre 2005


Protéine explorer est un site interactif rassemblant un ensemble de pages permettant la visualisation et le travail sur des molécules. La version originale en anglais est de Eric Martz.
La version française été réalisée par Hervé Furstoss, Lycée Lambert à Mulhouse (68) dans le cadre des travaux du groupe expérimental TICE-SVT.

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    Explorez l'exemple proposé : Complexe ADN - protéine. (Il s'agit du facteur de régulation de la transcription Gal4 de la Levure, code PDB 1d66.)

    Si PE ne fonctionne pas, voici une aide au dépannage (en vo)! VisiteGuidée de Protéine explorer
Travailler avec vos propres Molécules

Ouvrir une fenêtre optimale (grande) dans les prochaines sessions.
Caractéristiques de Protéine Explorer

Protéine Explorer dans nos classes

Seconde

Première L

Première ES

Première S

Terminale S

 

Protéine explorer peut fonctionner sous linux ou d'autres plateformes unix. En plus de Protéine explorer, il existe d'autres ressources utilisant Chime tels que des tutoriels sur l'ADN, l'hémoglobine, les anticorps, des modèles pour construire votre propre site autour de Chime, l'Index Mondial des Ressources de Visualisation Moléculaire, et plus encore.

 
Protein Explorer Copyright © 2002 by Eric Martz. Cette version est gratuite et libre d'utilisation pour tous les utilsateurs. Cette version de Protéine Explorer ne doit être redistribuée publiquement sous forme de copies téléchargées ou qui en dérivent sur Cdrom, ou par tout autre moyen, ni être publier de cette version sur un site web accésible publiquement sans autorisation. Il est autorisé de créer des liens vers Protéine explorer (www.umass.edu/microbio/chime/explorer) depuis d'autres sites Web. Il est autorisé de distribuer Protéine explorer localement à des étudiants à l'intérieur d'une classe ou d'une institution d'éducation, depuis un serveur intranet ou au moyen de Cdrom si cette distribution est gratuite. Les règles s'appliquant à la version originale restent en vigueur pour la version française. Pour toute utilisation commerciale, consultez le site original. Cette version de Protéine Explorer est publiée avec l'autorisation d'Eric Martz qui conserve l'entière propriété de Protéine Explorer. Avec le soutien de la Division of Undergraduate Education of the National Science Foundation, et de l'University of Massachusetts. Remerciements.


    Codes & Fichiers PDB
Une molécule: Pour voir une molécule dans Protéine Explorer (PE), vous devez au préalable choisir un fichier de coordonnées atomiques (souvent appelé un Fichier PDB) qui renferme la structure en3D de la molécule. (Protéine Explorer ne peut pas calculer la structure en 3D d'une protéine à partir de sa séquence en acides aminés -- voir Nature de données de la structure en 3D (vo).) Chaque fichier PDBa un code d'identification unique à 4 caractères. Si vous ne connaissez pas le code PDB de la molécule, voyez ci dessous commnt le trouver. Si vous connaissez le code PDB de la molécule qui vous intéresse, entrez le dans la case ci-dessus.

Deux molécules: Si vous souhaitez comparer deux fichiers PDB ("molécules") côte à côte, entrez deux codes PDB dans les cases ci-dessous, et cliquez sur le bouton.

     
Adresse de molécules: Si vous connaissez l'adresse d'un fichier de coordonnées atomiques sur un serveur, coller la ci-dessous et cliquez sur le bouton Charger.
    Deux exemples pour un test (copier et coller dans la fente):
          ftp://www.bio.umass.edu/pub/shareware/rasmol/fourmols/bilagram.pdb   (Bicouche lipidique avec un canal gramicidine.)
          http://cst-www.nrl.navy.mil/lattice/struk.xmol/b1.xyz   (cristal de NaCl)
 

    Recherchez, Trouvez votre molécule, Cliquez sur PE

Les structures macromoléculaire publiées sont archivées à la Protein Data Bank (PDB). Pour étudier une molécule qui vous intéresse recherchez la à l'aide des indications ci dessous , ensuite chargez la dans Protéine Explorer à l'aide de son code PDB et suivez les indications de PE.

  • PDB Lite est une interface de recherche de molécules conçue pour des non-spécialistes, étudiants et enseignants.
    D'autres interfaces de recherche sont utilisables et offrent parfois des liens directs vers Protein Explorer:
  • SearchFields est une interface pour utilisateurs avertis fournie par la Protein Data Bank/RCSB.
  • OCA est un outil de recherche avancée de fichier PDB au Weizmann Institute avec certaines possibilités que n'offrent pas les interfaces de recherche de la RCSB.
  • Probable Quaternary Structures (PQS) au European Bioinformatics Institute (Hinxton, GB) présente des "unités biologiques" assemblées (mathématiquement) à partir d'oligomères provenant de fichiers PDB. Si votre fichier PDB contient un homodimère, PQS vous indiquera si le contact protéine-protéine est réel, ou plutôt un artéfact cristallin. Dans le second cas, on vous fournira chaque chaîne séparée avec le solvant; ou les chaînes seules depuis ExPDB (sans solvant et ligands).
  • Aligner des molécules et afficher les alignements dans PE sur le site d' Extension combinatoire de Shindyalov et Bourne (San Diego, USA).
    Par exemple, voici 1atp aligné avec 1cmk. (Ce serveur ne fourni que des paires de chaînes, et les hétéro-atomes ne sont pas pris en compte. Pour un meilleur contrôle des alignements, utilisez DeepView.)
  • Aligner des séquences avec Biology Workbench et colorer la molécule selon la conservation/mutation des acides aminés avec ASM3D, une fonction avancée de Protéine Explorer.

  • D'autres excellentes interfaces de recherches PDB (certaines sans liens vers PE).

        Liens Hypertextes qui spécifient les molécules à afficher
    Vous pouvez créer des pages web contenant des liens hypertextes qui indiquent la molécule à afficher dans Protéine Explorer ou Comparator. Les fichiers PDB pourront provenir de la Protein Data Bank ou de n'importe quel serveur, ou encore de votre disque dur local. Ce qui permet lors d'un travail avec des élèves de les dispenser de certaines consignes n'ayant pour seul but que de mettre en place la molécule et donc de gagner un temps précieux. Exemples:

        Teléchargement de Fichiers PDB
    Vous pouvez télécharger des fichiers PDB pour les conserver sur votre disque dur local. Le moyen le plus fiable pour des novices de télécharger des fichiers PDB est l'utilisation de PDB Lite.

    Lorsque PE est démarré, vous pouvez utiliser le bouton pour localiser et charger des fichiers PDB à partir de votre dique dur. PE "à vide", de plus PE enregistre les 10 derniers fichiers chargés sur sa page "Charger une Molecule", et permet de les rappeler à partir d'un menu déroulant. Vous pouvez aussi créer des pages HTML contenant des liens hypertextes vers vos molécules favorites.

        PE "à Vide"
    Si vous connaissez déjà le(s) code(s) PDB, ou que les fichiers PDB sont téléchargés et sauvegardés sur votre disque dur, ou encore que la molécule a récemment été chargée au cours d'une session de PE, vous pouvez indiquer à PE quelle(s) molécule(s) afficher après avoir lancé soit Voici des instructions pour insérer des liens hypertexte vers PE ou Comparator à vide dans vos pages web html,et voici une liste de documents concernant la Construction de Liens Hypertextes vers PE.